1.柱子在清洗平衡步骤流速减慢，柱子下筛板堵塞或者是试剂中有杂质堵塞。

2.上样过程中流速逐渐降低，样品中有不溶物 堵塞填料或者是样品粘稠。少数情况蛋白挂柱后 流速也会减慢。

3.洗杂洗脱步骤流速减慢，蛋白不稳定 在柱子上沉淀，可以选择低温条件纯化，或者是在整个纯化过程中样品试剂中加入甘油保护蛋白。